La collaborazione con il Museo archeologico di Aquileia si è modificata nel corso del tempo. Inizialmente Giovanni B. Brusin era direttore del Museo e anche segretario dell’Associazione: in questa duplice veste dirigeva gli scavi che erano condotti a spese dell’Associazione e curava con il prof. Calderini la pubblicazione della rivista “Aquileia Nostra” .
In seguito l’Associazione svolse attività divulgativa anche nella sede del Museo e in stretto contatto con esso. Dal 2011 è operante una convenzione con la Direzione regionale dei beni culturali e paesaggistici del Friuli Venezia Giulia relativa alla rivista “Aquileia Nostra”.